技術路線
樣品要求
樣品類型:細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。
物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)
具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。
測序方案
測序模式 PE150
測序數據量 10Gb
生物信息分析內容
1 原始數據質控檢查
2 比對結果質控檢查
3 基于circRNA表達的樣品主成分分析
4 circRNA預測及鑒定
5 circRNA差異分析
6 差異circRNA宿主基因的通路富集分析
7 差異circRNA的靶向miRNA預測分析
高級分析
1 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖
案例展示
1 人喉鱗狀細胞癌中circRNA的RNA-seq表達譜
RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas
Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86
https://doi.org/10.1186/s12943-018-0833-x IF:6.204
測序策略:circRNA測序(RNase R+)
樣本分組:10例,5例腫瘤組織(2例高分化,3例中分化),5例正常組織
人喉鱗狀細胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮組織的惡性腫瘤,是頭頸部腫瘤中惡性程度非常強的腫瘤,世界范圍內每年發生率占比2.4%,近年內還有逐漸增加趨勢。本研究主要關注circRNA在LSCC疾病中的表達情況。研究者選擇10例LSCC患者臨床組織標本(2例高分化、3例為中分化、 5例正常)進行RNA高通量測序,分析樣本中circRNA表達情況。共鑒定出21444個circRNA,其中在LSCC樣本中顯著上調的circRNA 29個,顯著下調circRNA 19個,進一步結合臨床特征(高分化,中分化和正常)進行分類,將差異表達circRNA縮小到18個和5個(圖1)。CircRNA-miRNA-mRNA調控網絡預測分析,發現20個失調控circRNA與多種腫瘤相關的miRNA相關,信號通路KEGG富集分析發現,過氧化物酶體PPAR、軸突導向、Wnt和細胞周期通路與LSCC密切相關(圖2)。隨后的qPCR驗證結果顯示(圖3),has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好區分LSCC標本和正常標本,表明circRNA可作為LSCC潛在的理想標志物。
圖1 LSCC樣本中circRNA差異表達譜
圖2 CircRNA及靶向miRNA網絡調控圖與KEGG代謝通路富集分析
圖3: hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648在10對LSCC腫瘤樣本及正常樣本中的Q-PCR驗證
吉賽生物NGS樣本采集、保存、運輸要求(2020年version2.2)