技術路線

樣品要求

        樣品類型：細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。

        物種：人、大小鼠（特殊物種詳詢技術支持）

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

測序方案

        測序模式 PE150

        測序數據量 10Gb 

生物信息分析內容

        1 原始數據質控檢查

        2 比對結果質控檢查

        3 基于circRNA表達的樣品主成分分析

        4 circRNA預測及鑒定

        5 circRNA差異分析

        6 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

        7 差異circRNA的靶向miRNA預測分析

高級分析

        1 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

案例展示

        1 人喉鱗狀細胞癌中circRNA的RNA-seq表達譜

        RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

        Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86
        https://doi.org/10.1186/s12943-018-0833-x  IF：6.204

        測序策略：circRNA測序（RNase R+）

        樣本分組：10例，5例腫瘤組織（2例高分化，3例中分化），5例正常組織

        人喉鱗狀細胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮組織的惡性腫瘤，是頭頸部腫瘤中惡性程度非常強的腫瘤，世界范圍內每年發生率占比2.4%，近年內還有逐漸增加趨勢。本研究主要關注circRNA在LSCC疾病中的表達情況。研究者選擇10例LSCC患者臨床組織標本（2例高分化、3例為中分化、 5例正常）進行RNA高通量測序，分析樣本中circRNA表達情況。共鑒定出21444個circRNA，其中在LSCC樣本中顯著上調的circRNA 29個，顯著下調circRNA 19個，進一步結合臨床特征（高分化，中分化和正常）進行分類，將差異表達circRNA縮小到18個和5個（圖1）。CircRNA-miRNA-mRNA調控網絡預測分析，發現20個失調控circRNA與多種腫瘤相關的miRNA相關，信號通路KEGG富集分析發現，過氧化物酶體PPAR、軸突導向、Wnt和細胞周期通路與LSCC密切相關（圖2）。隨后的qPCR驗證結果顯示（圖3），has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好區分LSCC標本和正常標本，表明circRNA可作為LSCC潛在的理想標志物。

圖1 LSCC樣本中circRNA差異表達譜

圖2 CircRNA及靶向miRNA網絡調控圖與KEGG代謝通路富集分析

圖3: hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648在10對LSCC腫瘤樣本及正常樣本中的Q-PCR驗證

吉賽生物NGS樣本采集、保存、運輸要求（2020年version2.2）