工作原理

        高通量文庫是一種高通量功能分子篩選技術，廣泛應用于生命科學與醫學相關研究領域。高通量文庫利用文庫分子對篩選模型的效應差異，文庫分子在功能模型篩選的過程會被選擇性富集或丟失，由此實現功能分子的篩選。circRNA shRNA文庫是專門針對circRNA的高通量shRNA文庫體系，適用于各種功能性circRNA篩選分析。

應用方向
        1 致病關鍵分子篩選：腫瘤發生發展及轉移相關circRNA篩選，病毒感染及生命周期相關circRNA分子篩選等；

        2 藥學相關篩選：藥物敏感性/耐藥性及藥理作用相關circRNA分子的篩選等；

        3 毒理學功能篩選：毒理相關功能circRNA分子篩選分析等；

        4 分子細胞生物學功能分子篩選：特定信號通路相關circRNA篩選；增殖，死亡，自噬相關circRNA篩選；基因表達調控相關circRNA篩選等；

        5 再生醫學與發育相關分子篩選：干細胞命運決定相關circRNA篩選；干性調控相關circRNA篩選等。

circRNA shRNA文庫SCL-1

        吉賽生物專注于circRNA研究多年，成功開發出一款大庫容量的circRNA shRNA文庫Sh-CircRNA Library 1（SCL-1），SCL-1文庫具有以下特點：

    ? 慢病毒文庫；

    ? 含11930種shRNA分子；

    ? 靶向1485個circRNA；

    ? 靶向1050個對應母基因的mRNA；

    ? 靶向來源基因mRNA的shRNA均避開與circRNA的共有序列；

    ? 涵蓋大量熱點基因、通路相關分子；涵蓋多種腫瘤中高表達的circRNA分子；人類多種組織轉錄組高表達circRNA分子，能滿足各種高通量文庫篩選模型。

        如圖1所示，設計靶向circRNA和對應mRNA的shRNA，合成并構建慢病毒文庫，用于細胞感染。細胞經過模型篩選后，文庫分子會被選擇性富集或丟失，分析模型篩選前后文庫分子的比例變化即可分析出與研究模型密切相關的功能分子。

圖1： SCL-1文庫制備篩選流程示意圖

SCL-1文庫分子選擇

        SCL-1文庫涵蓋了多種人類來源組織和腫瘤標本中高表達的circRNA分子，與以MiOncoCirc數據庫信息比對結果（圖2）表明SCL-1文庫分子在MiOncoCirc數據庫收錄的腫瘤類型中均有涵蓋，每種腫瘤中文庫的分子表達豐度都比較靠前。

圖2：SCL-1分子在MiOncoCirc數據庫中對應每種腫瘤的收錄情況

我們提供的產品和服務

    ? SCL-1文庫慢病毒產品

    ? 功能篩選模型設計與NGS測序和數據分析

    技術支持：020-82254787

        2019年Cell期刊上報到了一項前列腺癌中circRNA的研究：Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.

        在該研究中，作者構建了針對表達豐度最高的2000條circRNA的shRNA文庫，篩選對前列腺癌生長所必須的essential circRNA，這些essential circRNA被干擾之后，細胞增殖顯著抑制甚至細胞會發生死亡。作者在這項研究中共分析到了171種essential circRNA，選擇了10個進行干擾和過表達驗證，結果表明所篩選到的circRNA在細胞增殖中的作用非常顯著。

圖3 基于shRNA文庫篩選前列腺癌essential circRNA

1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.

2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.