廣義的翻譯組指的是直接參與翻譯過程的所有元件,包括但不限于核糖體、正在翻譯的mRNA、調控性RNA、新生肽鏈及各種翻譯因子等;狹義的翻譯組特指正在翻譯的mRNA。核糖體印跡測序(ribosome profiling,或ribo-seq)是指對被核糖體保護的30nt左右的mRNA片段進行深度測序分析,是目前研究翻譯組學的主要技術手段之一。
技術路線
樣品要求
樣品類型:細胞或組織裂解產物。
物種:哺乳動物細胞或組織(有參考基因組且注釋信息完整)
具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請咨詢技術支持。
測序方案
測序模式 PE150
測序數據量 20Gb raw data
案例展示
人類心臟翻譯組學研究
The Translational Landscape of the Human Heart
Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010 IF:36.216
測序策略:Ribo-seq & mRNA-seq
樣本分組:80例心臟組織,65例心肌病,15例正常對照
圖2 Ribo profiling分析可翻譯的circRNA分子
1. 原始數據
2. 質量控制
3. 序列長度選擇
4. 比對到參考基因組
5. Reads分布統計
6. 翻譯/非翻譯uORFs特征分析
7. TE翻譯效率分析
8. 差異TE基因表達分析
9. 差異TE基因聚類分析
10. 差異TE基因GO/KEGG富集分析
注:Ribo-seq的翻譯效率的分析需要結合RNA-seq的數據進行分析。
吉賽生物NGS樣本采集、保存、運輸要求(2020年version2.2)