真核生物mRNA測序的研究對象為特定細胞或組織在某一功能狀態下轉錄出來的mRNA集合,通過oligo-dT磁珠捕獲帶polyA尾的RNA進行建庫測序,也稱為PolyA-Seq??裳芯?/span>mRNA差異表達或檢測結構變異,篩選與疾病或性狀相關的分子標記;還可揭示轉錄組的復雜性,確定基因以及轉錄本結構、可變剪接、RNA編輯、帶polyA尾的非編碼RNA 和新轉錄本。目前已廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。
技術路線
樣品要求
樣品類型:細胞、新鮮組織或完整性良好的Total RNA樣品。
物種:真核生物(詳詢技術支持)
具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。
測序方案
測序模式 PE150
測序數據量 5Gb
生物信息分析內容
1 原始數據質控檢查
2 比對結果質控檢查
3 基于基因表達的樣品主成分分析
4 差異基因表達分析
5 差異基因GO功能分析
6 差異基因通路分析
7 變異剪切分析 (40M pair end reads)
8 基因突變分析(40M pair end reads)
9 轉錄調控活性分析及通路互作分析