宏基因組(Metagenome)是環境中全部微小生物遺傳物質的總和,它包含了可培養的和未可培養的微生物的基因組。宏基因組測序是指對微生物群體進行高通量測序,通過測序數據分析特定環境中微生物群體基因組成及功能,研究微生物多樣性、種群結構、生物進化與環境之間的關系,解讀微生物群體多樣性與豐度,微生物與宿主之間的關系,發掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有應用價值的基因資源,應用于開發新的微生物活性物質。
技術路線
樣品要求
? 樣品類型:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品。
? 物種:常見有參微生物(詳詢技術支持)
?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。
測序方案
測序模式 PE150
測序數據量 5-10Gb
生物信息分析內容
基礎分析
1 物種組成和豐度統計;
2 樣品復雜度分析;
3 樣品間物種豐度差異分析;
4 基因組組裝;
5 基因組組分分析;
6 基因功能GO-COG注釋;
7 基因功能KOG,KEGG注釋;
高級分析
8 多樣品顯著相關因子分析;
9 與疾病相關的基因的深度分析;
10 菌群共生關系網絡構建;
11 系統進化樹構建;